1996年，原县级玉林市辖20个镇、10个乡：玉林镇、南江镇、城西镇、名山镇、城北镇、茂林镇、新桥镇、沙田镇、樟木镇、福绵镇、成均镇、仁东镇、大平山镇、石南镇、葵阳镇、城隍镇、山心镇、沙塘镇、蒲塘镇、北市镇、小平山乡、卖酒乡、大塘乡、洛阳乡、高峰乡、博爱乡、铁联乡、仁厚乡、龙安乡、石和乡。
　1997年4月22日，国务院批复（国函[1997]26号）：（1）撤销玉林地区和县级玉林市，设立地级玉林市，市人民政府驻新设立的玉州区玉林镇东门路。（2）玉林市设立玉州区和兴业县。玉州区辖玉林、福绵、南江、城西、名山、仁东、樟木、成均、新桥、城北、茂林、沙田12个镇和石和、仁厚、大塘3个乡。区人民政府驻玉林镇民主路。兴业县辖原县级玉林市的石南、城隍、大平山、蒲塘、北市、葵阳、沙塘、山心8个镇和龙安、铁联、博爱、高峰、洛阳、小平山、卖酒7个乡。县人民政府驻石南镇。
　2000年，玉州区辖12个镇、3个乡。 根据第五次人口普查数据：全区总人口人，其中各乡镇人口（人）： 玉林镇 201721 南江镇 77813 城西镇 51516 城北镇 45061 名山镇 72220 茂林镇 51408 仁东镇 49296 福绵镇 69053 成均镇 64811 樟木镇 70497 新桥镇 51823 沙田镇 44758 仁厚乡 24193 大塘乡 19173 石和乡 24886
　
　2003年玉州区行政区划一览：
　001 玉城街道 辖：城站、东成、北辰、南观、西就、东明、州佩、垌口、新民、大新、东岳、清湾江、胜利垌13个社区。
　100 大塘镇 辖：大塘、苏烟、大双、三和、阳山5个村委会。
　101 南江镇 辖：东南里、江滨里、苗园路3个社区居委会；南江、竹美、新联、平志、广恩、坡塘、七一、分界、岭塘、镇忠、常乐、云良、合汉13个村委会。
　102 城西镇 辖：庆丰、江岸、林村、莲塘、永上、新定、新团、玉豸、五联9个村委会；城西开发区居委会。
　103 城北镇 辖：陈旺、寒山、罗竹、彭村、睦马、排榜、周埠、高山、潘岭、西岸、钟周、凤村、谷山、平地14个村委会；城北开发区居委会。
　104 名山镇 辖：统田里社区居委会；名山、和睦、旺瑶、榕楼、绿杨、太阳、长望、腾扬、朱砂、石棠、大良、二泉12个村委会。
　105 茂林镇 辖：茂林、金谷、泉塘、泉东、大卢、泉西、陂耀、陂石、新寨、鹿峰、鹿塘、鹿潘、沙井、山电、车垌、湘汉16个村委会；中顺水泥有限公司村委。
　106 仁东镇 辖：鹏垌、龚罗、大路、中庞、大鹏、都甘、旺卢、鹤林、木根、石地、沼心、周村、良村13个村委会。
　107 福绵镇 辖：福绵社区居委会；上坡、中坡、十丈、上地、良表、水岭、韦福、福东、福西、福绵、覃村、香山、洋桥、镇石、宝岭、上枥、中枥、下枥、新江、沙浪、三龙、青岭、船埠、横岭、竹菜25个村委会。
　108 成均镇 辖：成均、和合、六塘、石围、百石、万福、大岭、劝场、通曹、古城、宁冲、丹竹、安田、岭肚、井龙、二冲、小冲、平威、东高、石律、社岗、甘冲、大水23个村委会。
　109 樟木镇 辖：樟木、中村、胜利、新发、上泉、庆龙、塘基、罗冲、莘鸣、古坡、太平、新龙、调马、旺老、太安、松山、瑞垌、忠荔、石龙、龙前、罗田、富塘、竹山、三塘、大旺、六答26个村委会。
　110 新桥镇 辖：新桥、大楼、被霞、旺村、长屏、养心、永宁、阳岗、五金、金鸡、富寨、田横、辛仓、新沙、下山、化山、长石17个村委会。
　111 沙田镇 辖：沙田、关塘、丽良、南流、大江、砥柱、中流、上中、苏立、六龙、万新、良平、和平、云龙、库顶15个村委会。
　112 石和镇 辖：石和、沙坑、爱国、平坡、大义、旺久、麦垌、云茂、塘茂、长发10个村委会。
　113 仁厚镇 辖：上罗、下罗、新旺、荔枝、大卢、茂岑、铁匠、道良、仁厚9个村委会。
　
　2005年，撤销南江镇，改设街道办事处，以原南江镇的行政区域为该街道办事处的辖区；撤销名山镇，改设街道办事处，以原名山镇的行政区域为该街道办事处的辖区；撤销城西镇，改设街道办事处，以原城西镇的行政区域为该街道办事处的辖区；撤销城北镇，改设街道办事处，以原城北镇的行政区域为该街道办事处的辖区。